| 順位 | チーム名 | 勝点 | 試合数 | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 得失点 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 栃木シティFC | 64 | 30 | 19 | 7 | 4 | 66 | 35 | 31 |
| 2 | 高知ユナイテッドSC | 55 | 30 | 16 | 7 | 7 | 36 | 22 | 14 |
| 3 | FCティアモ枚方 | 50 | 30 | 15 | 5 | 10 | 49 | 45 | 4 |
| 4 | レイラック滋賀 | 48 | 30 | 14 | 6 | 10 | 47 | 32 | 15 |
| 5 | ヴィアティン三重 | 48 | 30 | 13 | 9 | 8 | 41 | 33 | 8 |
| 6 | ヴェルスパ大分 | 45 | 30 | 11 | 12 | 7 | 37 | 37 | 0 |
| 7 | Honda FC | 43 | 30 | 11 | 10 | 9 | 34 | 27 | 7 |
| 8 | ブリオベッカ浦安 | 42 | 30 | 12 | 6 | 12 | 39 | 36 | 3 |
| 9 | 沖縄SV | 41 | 30 | 11 | 8 | 11 | 52 | 44 | 8 |
| 10 | ラインメール青森 | 41 | 30 | 9 | 14 | 7 | 32 | 26 | 6 |
| 11 | アトレチコ鈴鹿クラブ | 37 | 30 | 10 | 7 | 13 | 39 | 42 | -3 |
| 12 | ソニー仙台FC | 37 | 30 | 10 | 7 | 13 | 34 | 40 | -6 |
| 13 | FCマルヤス岡崎 | 30 | 30 | 6 | 12 | 12 | 30 | 39 | -9 |
| 14 | クリアソン新宿 | 26 | 30 | 5 | 11 | 14 | 19 | 44 | -25 |
| 15 | 横河武蔵野FC | 23 | 30 | 5 | 8 | 17 | 26 | 56 | -30 |
| 16 | ミネベアミツミFC | 22 | 30 | 5 | 7 | 18 | 25 | 48 | -23 |